Dynamiser la recherche sur le microbiote.
Deux lauréats du Programme des Investissements d’Avenir (PIA), #Metagenopolis @INRA (démonstrateur pré-industriel, Lauréat 2012) et @BIOASTER (L’Institut de Recherche Technologique en microbiologie, Lauréat 2012), affichent leur volonté de dynamiser ensemble la recherche autour du microbiote à travers la signature d’un accord afin de proposer une offre de collaboration sur mesure, commune et cohérente vis-à-vis des enjeux et attentes industrielles dans le domaine du microbiote humain et animal.
Une offre technologique inédite
Leurs plateformes (norme ISO9001/2015) pensées pour des projets à visées industrielles sont complémentaires en terme d’excellence scientifique/technologique, compatibles en terme de fonctionnement (délais, devis, standardisation des méthodes, gestion de la confidentialité…) et apportent ainsi une réponse scientifique complète et différenciante.
Des projets communs avec les industriels
Deux contrats industriels sont déjà en cours entre les deux structures sur des sujets divers comme par exemple l’identification de cible (recherche in silico), l’évaluation de composé (screening in vitro HTS), l’isolement (fermenteur), la culture ou encore l’évaluation (POC) in vivo.
Le rapprochement des deux instituts permet donc de couvrir un plus large champ technologique et scientifique pour une exploration complète du microbiote humain et animal (voir visuel).
Apport de MGP dans l’offre étendue
- Reconnaissance mondiale dans le domaine du microbiote intestinal (KOL et pionnier).
- Experts en bioanalyses, biostatistiques, bioinformatiques
- Biobanking d’une capacité de 600 000 échantillons de selles et ADN
- Extraction des ADN automatisée
- Séquençage métagénomique WGS haut débit (technologies Ion Proton & MinION) : accès aux espèces contrastantes et à leurs fonctions
- Analyses bioinformatiques spécifiques et bases de données associées (catalogues de gènes des microbiotes humains et animaux): identification de cible, molécule, exploration de données multi-omics; machine learning…
- Métagénomique fonctionnelle et modulation des fonctions cellulaires
Plus de détails : http://www.mgps.eu
Apport de BIOASTER dans l’offre étendue
- Collecte d’échantillons volontaires sains pour validations technologiques
- Mise en place d’études cliniques exploratoires et prospectives
- Séquençage ciblé du répertoire 16S, région V3-V4 (technologies Illumina MiSeq & NextSeq500)
- Séquençage ciblé du répertoire 16S, gène complet (technologie propriétaire LUMI-seq™ sur séquenceurs Illumina)
- Séquençage métagénomique WGS (technologies Illumina MiSeq & NextSeq500)
- Analyses protéomiques et métabolomiques des échantillons de selles, sang, urines…combinant la RMN et la spectrométrie de masse
- Méthodes de tri et microfluidique
- Culturomique ciblée à haut débit d’espèces bactériennes commensales par FACS en atmosphère contrôlée (https://youtu.be/VaD6XuviD8E)
- Exploration et développement de méthodes de fermentation de souches pures ou de microbiotes complexes en micro-fermenteurs 24 puits
- Expertise en modèles précliniques : souris sauvages, germ-free et à microbiote contrôlé (GM15).
Plus de détails : www.bioaster.org
Contact(s)
Inra: www.inra.fr
BIOASTER :
Vincent Thomas, responsable programme microbiote : vincent.thomas@bioaster.org
Alexis Rideau, responsable partenariats stratégiques, programme microbiote : alexis.rideau@bioaster.org